Nei conigli la chirurgia profilattica consiste essenzialmente nell'ovarioisterectomia della femmina e nell'orchiectomia nel maschio: la prima previene le patologie uterine (neoplasie, idrometra, infezioni), le gravidanze e pseudogravidanze, le patologie mammarie e i disturbi comportamentali di origine ormonale; la seconda trova indicazioni nell'eliminazione dei comportamenti sgraditi (marcatura terrritoriale e aggressività) e di eventuali tumori e ascessi testicolari. L'età ideale per eseguire questi interventi è 6-12 mesi.
Il coniglio, animale molto stressabile, deve essere portato per l'intervento qualche tempo prima, al fine di farlo calmare e ambientare; e, a differenza dei classici animali da compagnia, non necessita di digiuno preoperatorio (in quanto non vomita e il suo svuotamento gastrico richiede molto tempo). Il fatto che il coniglio è un animale che respira prettamente col naso, che per la sua natura di preda è particolarmente sensibile a paura, stress e dolore, lo rende particolarmente esposto ad un elevato rischio anestesiologico (sia in fase d'induzione che di risveglio). Per le stesse ragioni è imperativo monitorare ventilazione, temperatura e pressione durante tutte le fasi chirurgiche, e intraprendere una terapia analgesica efficace in tutte le condizioni dolorose.
Nei furetti, le occasioni in cui è necessario intervenire chirurgicamente sono spesso numerose; ma al fine puramente profilattico ricordiamo unicamente la sterilizzazione chirurgica: in quanto la sacculectomia (rimozione delle sacche anali), una volta preventiva per ridurre l'odore cutaneo, va eseguita solo in caso di condizioni patologiche (ascessi o neoplasie), poichè questo fenomeno viene fortemente ridotto in seguito alla gonadectomia.
Nelle femmine la sterilizzazione è necessaria, poichè, presentando un'ovulazione indotta dall' accoppiamento restano in calore per periodi prolungati, determinando un'iperestrogenismo che può causare gravi problemi di salute.
Nei maschi viene effettuata per diminuire l'aggressività (soprattutto in estate) e per ridurre (di circa il 90%) l'odore sgradevole che lo rende poco adatto alla vita in casa.
La castrazione chirurgica è stata, tuttavia, negli ultimi anni messa in relazione al frequente sviluppo di malattie surrenaliche (iperplasia benigna, adenoma, adenocarcinoma metastatico), che si osservano in soggetti adulti sterilizzati di 3-5 anni d'età. Questa patologia è dovuta a ipersecrezione conpensatoria di ormoni sessuali da parte della surrenale, in seguito al venir meno delle gonadi, e si manifesta principalmente con alopecia simmetrica bilaterale di coda e regione lombo-sacrale, con assottigliamento della cute e prurito e nella femmina si associa un'ipertrofia vulvare. Per questo motivo si stanno sviluppando, in alternativa alla chirurgia, impianti sottocutanei a rilascio prolungato di farmaci inibenti la produzione di ormoni sessuali, con risultati molto incoraggianti e sicuri.