La clinica si avvale, inoltre, dell'uso dell'endoscopia rigida a fini diagnostico/chirurgici nei volatili. La loro particolare anatomia e fisiologia, quale assenza del diaframma e presenza di sacchi aerei, li rende pazienti ideali per questa tecnica, a discapito di altre. L'esame endoscopico ci permette di determinare con certezza, mediante visione diretta delle gonadi, il sesso dei volatili, stabilendone al contempo lo stadio di sviluppo e di salute, di diagnosticare stati patologici dell'apparato respiratorio (rino-coanoscopia, tracheo-siringoscopia), dell'apparato digerente (Esofago-ingluvioscopia e proventricolo-ventricoloscopia), della cloaca (sbocco comune di apparati digerente, genitale e urinario), e di, mediante tecniche mininvasive, biopsare od operare i diversi organi della cavità celomatica (celioscopia).